La biblioteca del Instituto fue llamada en 1870 “la perla de las Canarias” por su riqueza en número y variedad de ejemplares. Llegó a tener 30 mil libros al cumplirse el primer centenario, 1946, de la creación del Instituto. Sus fondos tienen un origen diverso, fondos de los conventos, donaciones, compras, suscripciones a revistas científicas, literarias, educativas, boletines de historia, prensa de la época… Hoy, esa biblioteca heredada del convento ya no existe pues la mayor parte de sus fondos pasaron a la Universidad en 1956 quedando en el Instituto una muestra de 17 obras de los siglos XVI, XVII y XVIII.
